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Cette plateforme de séquençage, lancée en mai 2014 et exploitée par IntegraGen au sein de Gustave Roussy, a permis d’identifier l’ensemble des mutations génétiques à partir de l’ADN et de l’ARN extraits de tumeurs de quatre cents patients et d’orienter leur prise en charge vers les thérapies les plus adaptées. Les premiers résultats de ces analyses ont été présentés lors de la première conférence MAP (Molecular Analysis for Personalised therapy) les 23 et 24 octobre derniers à Paris.
Gustave Roussy, premier centre de lutte contre le cancer en Europe, et IntegraGen, leader français des services en génomique annoncent aujourd’hui la réalisation de la millième analyse génomique sur la plateforme commune de séquençage. Les profils moléculaires des patients ont été réalisés en moins de trois semaines et exploités dans le cadre des grands essais de médecine personnalisée menés à Gustave Roussy, tels que MOSCATO ou MAPPYACTS. Ce succès démontre la capacité des équipes à séquencer, en routine, l’ensemble de l’ADN (exome) et l’ARN (transcriptome) tumoral pour la recherche clinique.
Avec des résultats d’analyses rendus en moins de trois semaines, les cliniciens peuvent, dans des délais compatibles avec la prise de décision thérapeutique, inclure des patients dans des essais de médecine personnalisée et orienter ceux-ci vers les traitements les plus adaptés au profil génomique de leur tumeur. A Gustave Roussy, la majorité des patients inclus dans un essai clinique de phase I peuvent en bénéficier.
Sur les 300 premières analyses présentées lors de la conférence MAP, la plateforme de séquençage se révèle aussi sensible (94%) que la méthode classiquement utilisée qui consiste en l’analyse ciblant un panel de 75 gènes.
De plus, sur l’analyse des premiers cas, le séquençage complet de l’exome apporte 38 % de données d’intérêt clinique en plus de l’analyse ciblée, ainsi que de nombreuses autres anomalies génétiques identifiées à partir de l’analyse de l’ARN et non disponibles auparavant. La plateforme fournit donc des informations sur des marqueurs qui sont le reflet de l’activation biologique des tumeurs ou sur la charge mutationnelle qui indique la présence de néo-antigènes dans les tumeurs. Plus la charge est élevée, plus la tumeur risque d’être difficile à traiter. L’analyse des marqueurs permet de rationaliser le choix d’une stratégie thérapeutique et d’orienter le patient vers la meilleure stratégie de médecine personnalisée. L’objectif est d’optimiser la prise en charge des patients atteints de maladies avancées afin de définir des traitements plus ciblés et mieux adaptés.
En outre, ces données issues du séquençage génèrent beaucoup d’informations qui pourront être traitées à postériori et venir alimenter une base de données. Elles fournissent une description globale des tumeurs et permettent de mieux comprendre les mécanismes de prolifération, de dissémination et de résistances des cancers.
Ces informations permettront, à terme, de prédire les réponses aux traitements et d’éviter les traitements inutiles, voire contre-indiqués.
Gustave Roussy et IntegraGen souhaitent désormais passer à une deuxième étape de leur partenariat. Ils prévoient de développer l’usage de la plateforme, d’une part en élargissant l’accès à de nouveaux types d’essais, y compris des projets dans le domaine de l’immuno-oncologie et l’étude de néo-antigènes.
D’autre part, les deux acteurs travaillent, en partenariat avec l’Inserm et Sogeti High Tech, à l’amélioration de l’interface informatique à destination des biologistes et des cancérologues à travers le projet ICE (Interpretation of Clinical Exome) dont l’objectif est de développer un logiciel scientifique d’assistance à l’interprétation des données issues du séquençage génomique et rendre ainsi ce type d’examen accessible à la majorité des laboratoires.
« Avec les équipes d’IntegraGen, nous avons fait la démonstration de la faisabilité de ces analyses à travers un processus intégré de prise en charge dans le cadre de nos essais cliniques de médecine personnalisée. Nous participons ainsi activement à la mise en œuvre du Plan Cancer 3 dont un des objectifs est de développer l’exploitation de l’exome tumoral », commente le Pr Eric Solary, Directeur de la Recherche à Gustave Roussy.
« La conjonction des expertises de Gustave Roussy, en cancérologie et dans la réalisation d’essais cliniques, alliée à la maîtrise de la génomique d’IntegraGen, nous a permis de développer ensemble un processus complet, du prélèvement biologique au résultat, en passant par l’interface informatique destinée à permettre l’interprétation des séquences. Unique en Europe, cette plateforme bénéficie aux patients qui acceptent de participer aux programmes de recherche clinique de médecine personnalisée. Le succès de cette initiative représente enfin un potentiel de croissance pour les activités d’IntegraGen », a indiqué Bernard Courtieu, Président Directeur-Général d’IntegraGen.
